AIMBE Fellow 潘毅：少年状元、九年学术荒，拒做生(2)-电子与信息学报

一、来稿必须是作者独立取得的原创性学术研究成果，来稿的文字复制比（相似度或重复率）必须低于用稿标准，引用部分文字的要在参考文献中注明；署名和作者单位无误，未曾以任何形式用任何文种在国内外公开发表过；未一稿多投。二、来稿除文中特别加以标注和致谢之外，不侵犯任何版权或损害第三方的任何其他权利。如果20天后未收到本刊的录用通知，可自行处理(双方另有约定的除外)。三、来稿经审阅通过，编辑部会将修改意见反馈给您，您应在收到通知7天内提交修改稿。作者享有引用和复制该文的权利及著作权法的其它权利。四、一般来说，4500字（电脑WORD统计，图表另计）以下的文章，不能说清问题，很难保证学术质量，本刊恕不受理。五、论文格式及要素：标题、作者、工作单位全称(院系处室)、摘要、关键词、正文、注释、参考文献(遵从国家标准：GB\T7714-2005，点击查看参考文献格式示例)、作者简介(100字内)、联系方式(通信地址、邮编、电话、电子信箱)。六、处理流程：（1）通过电子邮件将稿件发到我刊唯一投稿信箱（2）我刊初审周期为2－3个工作日，请在投稿3天后查看您的邮箱，收阅我们的审稿回复或用稿通知；若30天内没有收到我们的回复，稿件可自行处理。（3）按用稿通知上的要求办理相关手续后，稿件将进入出版程序。（4）杂志出刊后，我们会按照您提供的地址免费奉寄样刊。七、凡向文教资料杂志社投稿者均被视为接受如下声明：（1）稿件必须是作者本人独立完成的，属原创作品（包括翻译），杜绝抄袭行为，严禁学术腐败现象，严格学术不端检测，如发现系抄袭作品并由此引起的一切责任均由作者本人承担，本刊不承担任何民事连带责任。（2）本刊发表的所有文章，除另有说明外，只代表作者本人的观点，不代表本刊观点。由此引发的任何纠纷和争议本刊不受任何牵连。（3）本刊拥有自主编辑权，但仅限于不违背作者原意的技术性调整。如必须进行重大改动的，编辑部有义务告知作者，或由作者授权编辑修改，或提出意见由作者自己修改。（4）作品在《文教资料》发表后，作者同意其电子版同时发布在文教资料杂志社官方网上。（5）作者同意将其拥有的对其论文的汇编权、翻译权、印刷版和电子版的复制权、网络传播权、发行权等权利在世界范围内无限期转让给《文教资料》杂志社。本刊在与国内外文献数据库或检索系统进行交流合作时，不再征询作者意见，并且不再支付稿酬。九、特别欢迎用电子文档投稿，或邮寄编辑部,勿邮寄私人，以免延误稿件处理时间。

AIMBE Fellow 潘毅：少年状元、九年学术荒，拒做生(2)

作者:

关键词:

摘要：

在当时，应用广泛的多序列对比工具CLUSTALW，仅仅能找到序列中六个基序中的两到三个，而潘毅自制的打分系统能够精准地找到全部六个基序。

潘毅向雷峰网《医健AI掘金志》描述了他的教育理想：为政界培养出一名省部级的官员，为学术界培养出一名院士，为产业界培养出一名千亿资产的企业家。“如果能达到这个境界，我的人生就圆满了。”

潘毅发现，等价矩阵在工作中并不考虑碱基或氨基酸的理化性质，也无法区别对待不同的替换，准确度存在很大问题。

2017年潘毅与郑纬民院士参观毛主席故居

正如四十年前，清华大学的诸位师长对潘毅的帮助与期盼。

潘毅在佐治亚州立大学参加学生毕业典礼

“我带过的博士中有一个专科毕业的学生，钟卫，到美国后重新读了本科。他的天资并不是最高的，但十分勤奋，读书时花费了很多时间去做研究，现在也已经是美国南卡罗来纳大学的终身正教授，还拿到了学校的杰出研究奖。”这是潘毅教学经历中印象最深刻的一位学生。

关于生物信息学的更多故事，欢迎与本文作者乔燕薇交流，微信号：qiaoyw186

戴顿大学是一所教学型学校，注重学生教育，为教授们提供的科研条件并不算好。因此，在戴顿大学工作的九年里，潘毅只能一点点艰难推进自己的研究。

对潘毅来说，1986年出国读博是人生中的重大分水岭。

“直到现在我和王老师还经常交流，偶尔提起家乡黎里镇的变化，王老师都会很高兴。”

2018年，ISBRA会议在北京召开时，潘毅与李敏这对师生曾同时作为特邀嘉宾出席并做报告，徐鹰同样也在受邀之列。

潘毅最初接触的问题是蛋白质、DNA、RNA等的序列对比。

这时的生物信息学尚且处于早期的萌芽阶段，大名鼎鼎的人类基因组计划也要在三年后才正式启动。

刚进入大学时，周围优秀的同学和紧张的学习环境使潘毅面临着空前的压力。这个时期，王鼎兴教授在学业上的指导和精神上的鼓励都使他获益匪浅，也逐渐建立起为人处世上的原则。

同样是学计算机出身的学者，徐鹰的研究更加偏向生物，潘毅则是更加偏向计算；而分别是物理、化学专业出身的许东和周耀旗，研究内容则更加偏向生物物理和化学物理。

他与徐鹰、许东、周耀旗，以及加拿大滑铁卢大学终身教授李明、弗吉尼亚大学教授张爱东等生物信息领域的诸位华人学者们，也是在这个时期相识。

因患“脆骨症”无法独立行走、只能依靠扭扭车代步的张亮，在今年的高考中取得了535分的成绩，超过安徽省理科一本线44分。在接受央视采访时，张亮曾提起自己的理想志愿——深理工大学的计算机专业，他希望在沿海城市上大学。遗憾的是，深理工的计算机专业今年尚未开始招收本科生。

比如，将传统生物学知识中神经网的联络方法取代深度学习常用的线性连法，改进深度学习中梯度消失的问题。

潘毅进入清华读书后，王鼎兴教授在学习上和生活上都给予了他非常多的帮助，潘毅回忆，“我读大学时常去王老师家中做客，和王老师一家人成为了很好的朋友。”

1993年，中国参与人类基因组计划，生物信息学科迎来大爆发。

陕西省政协常委、陕西师范大学计算机学院副院长雷秀娟教授，也曾在潘毅的团队中访问学习。

2020年，潘毅回国时整60岁，这是一个大多数人准备退休的年纪，而潘毅在生物信息学世界的新征途却刚刚开始。

2018年清华大学英文杂志《大数据挖掘与分析》创刊时，潘毅邀请了老师郑纬民与他一同担任主编。这本杂志如今已位列全球计算机领域前4%，进入世界一流期刊的行列。

他开始尝试使用AI算法进行蛋白质结构预测，先后将聚类算法、支持向量机、正则化算法、决策树、关联规则等多种算法运用到生物信息学的研究中，但无一例外都存在精度差、速度慢等问题。

深理工计算机科学与控制工程学院院长潘毅听闻后，决定与学校工作人员一同前往安徽看望张亮。虽然最终因公务而未能成行，但学校小分队带去了潘毅的书信，潘毅也与张亮现场连线，鼓励他未来报考学院的研究生。

1991年，潘毅从匹兹堡大学获得博士学位。按照计划，他应该进入一所研究型高校担任教职，一边从事教学工作一边推进自己的学术研究。

他带领两个博士生将这一研究成果整理成册，出版了《Multiple Biological Sequence Alignment: Scoring Functions, Algorithms and Evaluation》（《多生物序列对比：打分函数、算法、评价》）一书。

文章来源：《电子与信息学报》网址: http://www.dzyxxxbqk.cn/zonghexinwen/2022/1008/794.html